La Magistratura di Sorveglianza ha il compito di vigilare sull’esecuzione della pena nel rispetto dei diritti dei detenuti e degli internati, interviene in materia di applicazione di misure alternative alla detenzione, di esecuzione di sanzioni sostitutive, di applicazione ed esecuzione di misure di sicurezza. In particolare, il magistrato di sorveglianza ha il compito di vigilare sulla organizzazione degli Istituti penitenziari; segnalare al Ministero della Giustizia le esigenze dei servizi; approvare il programma di trattamento individualizzato per ogni singolo detenuto e i provvedimenti di ammissione al lavoro all'esterno; provvede sulla remissione del debito e sui ricoveri dei condannati per infermità psichica; decide sulle concessioni dei permessi, sulle misure di sicurezza e sui reclami disciplinari e in materia di lavoro dei detenuti e degli internati. Al magistrato di sorveglianza sono conferiti ampi poteri di intervenire, su reclamo del detenuto, in materia di lavoro e di disciplina, con ordinanza (e non più con "ordine di servizio"). A questo scopo la legge pone al magistrato l'obbligo di recarsi in frequente in carcere e di sentire tutti i detenuti che chiedono di conferire.
Il Tribunale di Sorveglianza si occupa della concessione e revoca delle misure alternative (affidamento in prova ordinario e particolare, semilibertà, liberazione anticipata, detenzione domiciliare, liberazione condizionale, differimento della esecuzione delle pene).
L'Ufficio di Sorveglianza decide in materia di permessi ordinari e premiali; è competente anche per le licenze ai semiliberi ed agli internati, sulla applicazione e revoca delle misure di sicurezza, sulla approvazione dei programmi di trattamento rieducativo, individualizzato, che l'amministrazione è tenuta per legge a redigere, alla fine del primo periodo di osservazione intramurale di ogni condannato definitivo.